Komisia víta zlepšenie v zbere a čistení komunálnych odpadových vôd. Poukazuje však na niekoľko nedostatkov
Medzi ne patria najmä nedostatočné investície do infraštruktúry. Z tohto dôvodu je možné sledovať výrazné rozdiely medzi jednotlivými členskými štátmi v napĺňaní požiadaviek smernice.